本申请提供一种有机硅生产中低盐废水的处理系统，包括，沿废水处理方向依次串联有隔油池、气浮机、配水池、微纳米气浮机、第一水箱、碱热聚反应装置、第二水箱、芬顿氧化池、中和沉淀池、多介质过滤器、离子交换设备、低盐清水箱、低压反渗透装置和净水箱。本申请的系统，将有机硅生产过程中产生的低盐废水，通过上述装置逐步除去污染物并且净化，得到理化指标符合回用标准的净水，并将得到的净水再次循环利用。本申请的系统对低盐废水经过净化处理后，直接回用，实现废水的零排放，同时节约了水资源，降低工厂的生产成本，在一定程度上提高了企业的收益。