本发明公开嵌入式永磁同步电机的初始位置估测方法，属于发电、变电或配电的技术领域。首先，利用高频方波电压注入和比例积分观测器获取转子磁极位置；然后，向估测的直轴中注入直流测试电流，并使用移动平均滤波器获取在电流注入前后的高频响应电流变化率；进而，通过比较两次获得的直轴电流变化率大小来判断此时估测位置对应的转子磁极；最后，根据极性获取电机转子初始位置。此外，本发明还提供一种补偿方案以应对当转子在南极时候，估测转子位置进行180度反转所产生的电流冲击。本发明提升基于高频方波电压注入无位置控制方式估测嵌入式永磁同步电机转子初始位置的精度，简化辨识过程，并缩短辨识时间。