本发明提供一种面向进港运动船舶的巡逻艇查证路线规划方法，包括以下步骤；S1；确定进港船舶装载货物的危险等级，建立进港船舶与查证巡逻艇之间的能力匹配关系；S2：根据港口位置、航道情况和监管处置区域，依据运动船舶类型、位置、航向和航速状态，计算各艘可疑船舶的查证时空窗口；S3：建立船舶运动模型，求解巡逻艇对两艘船舶进行查证的相邻时间间隔；S4：利用大规模邻域搜索算法优化巡逻艇的查证处置船舶序列，在满足能力匹配关系、查证时空窗口和相邻时间间隔的条件下，实现最大化查证船舶数量。本发明通过对巡逻艇查证路径优化，实现对进港可疑船舶查证方案生成，给出每一艘巡逻艇的具体查证路线，便于港口监管部门组织实施监管。