本发明涉及声呐探鱼技术领域，尤其涉及水下机器人的FPGA探鱼声呐方法及系统。方法包括：通过远程遥控水下机器人进行声波采集，通过输送PWM波至驱动电路对声呐进行驱动与采集；对采集到的声呐数据进行去噪预操作；采用实时数据流的方式，对数据进行实时处理，进行鱼类信号识别；把判断得出的鱼体信号距离经由数据传输模块传送给主控平台。本发明通过远程遥控水下机器人进行声波采集，通过输送PWM波至驱动电路对声呐进行驱动与采集，可以通过水下机器人实现对声呐接收位置的可控制，便于变换采集位置，保证了数据采集的适用性和可靠性；本发明对采集到的声呐数据进行去噪预操作，可有效保证声呐数据处理时的可靠性。