本发明公开了一种双定子永磁直线电机退磁故障诊断系统及方法，系统包括待诊断直线电机，驱动器和上位机，所述上位机将控制指令发送给驱动器，驱动器向待诊断直线电机发送控制脉动，驱动待诊断直线电机运行，待诊断直线电机将自身运动状态信号反馈给驱动器，驱动器再反馈给上位机，在待诊断直线电机的动子上安装有第一气隙传感线圈和第二气隙传感线圈，第一气隙传感线圈、第二气隙传感线圈以及动子线圈将采集到的三种感应电动势信号通过采集卡输出到上位机，上位机对信号处理并采用BASNNC分类算法对退磁故障类型和退磁程度做分类识别。本发明无需陪测电机配合，即可以将故障信号反馈至控制系统实现在线实时诊断，提高了检测的实时性和有效性。