本发明涉及一种基于三维地震资料的砂岩型铀矿控矿断裂识别方法及系统。所述方法包括：获取待勘查区的三维地震资料数据以及地质数据；确定每条断层的穿层性并筛选出目标断层；根据上下盘深度值确定上下盘厚度以及地层断距；根据上下盘厚度确定目标断层各层段对应的生长指数；根据地层断距以及生长指数建立断距埋深曲线及生长指数整体规律图；根据目标断层的穿层性进行第一次断裂系统划分，根据断距埋深曲线及生长指数整体规律图进行第二次断裂系统划分；根据待勘查区的地质数据以及第二次断裂系统划分结果确定控矿断裂。本发明方法及系统基于对地球物理领域的三维地震资料的精细解释和断裂系统划分，实现了砂岩型铀矿控矿断裂的精准、快速识别。