本发明提供一种复合滤芯组件和净水系统，复合滤芯组件包括：原水进口、产水出口、废水出口、第一滤芯和第二滤芯，第一滤芯包括第一中空纤维过滤膜丝，第二滤芯包括第二中空纤维过滤膜丝，第二滤芯位于第一滤芯的轴向一端，原水进口进入的水能够经过第一滤芯过滤，并在过滤时进入第一中空纤维过滤膜丝的内部并最终通过产水出口导出，未进入第一滤芯的内部的水能够经过第二滤芯过滤，并在过滤时进入第二中空纤维过滤膜丝的内部并最终通过产水出口导出，未进入第二滤芯的内部的水能够与废水出口连通并导出。通过本发明过滤精度高，相比于传统超滤滤芯技术，减少结垢风险，还能够提高废水的回收利用率。