本发明提供一种复合滤芯组件和净水系统，复合滤芯组件包括：原水进口、产水出口、废水出口、第一滤芯和第二滤芯，第一滤芯包括第一中空纤维过滤膜丝，第二滤芯包括第二中空纤维过滤膜丝，第二滤芯位于第一滤芯的径向内侧，原水进口进入的水能经过第一滤芯过滤，在过滤时进入第一中空纤维过滤膜丝的内部最终通过产水出口导出，未进入第一滤芯的内部的水能够经过第二滤芯过滤，在过滤时进入第二中空纤维过滤膜丝的内部并通过产水出口导出，未进入第二滤芯的内部的水能与废水出口连通并导出；第一滤芯的轴向一端连接第一粘接部，另一端连接第二粘接部。通过本发明过滤精度高，相比传统超滤滤芯技术，减少结垢风险，还能够提高废水的回收利用率。