本发明公开了一种双重滤波加权平均的星站钟差数据融合方法，采用前置滤波器剔除各个基准终端观测钟差数据中的奇异值，并填补钟差数据空缺值；用动态加权平均算法实现钟差数据融合；采用α‑β滤波器进行星站钟差跟踪滤波，生成钟差融合终值，并为加权平均时的动态权值分配提供依据，同时还为前置滤波器的阈值调优提供参考。该方法适用于存在奇异值和空缺值的卫星钟差观测数据处理，能够获得标准差较低的星站钟差融合结果，即钟差波动程度降低，使融合结果更接近钟差真实值。