本发明公开了一种水箱自动清洗系统。本发明主要由不锈钢水箱、可调式喷嘴、市政供水管路、二次供水工作水泵系统、消毒系统组成。所述二次供水工作水泵系统包括三台二次供水工作水泵及其配套阀门。平时进行二次供水工作时，三台工作水泵并联工作为高层用户供水；进行清洗工作时，工作水泵进行串联，为喷嘴提供高压水流。所述消毒系统由加药箱和阀门组成，为清洗工作提供配备好的消毒药水及专业清洗剂。平时进行二次供水工作时，阀门关闭；进行清洗工作时，阀门打开，提供消毒药水及专业清洗剂。本发明采用供水工作水泵作为清洗系统的加压水泵，省去了额外的加压水泵的成本，同时使整个系统更加简洁，减少了加压水泵的联合管路。