本发明公开了一种阻燃热塑性PET复合材料及其制备方法，以提纯后的硅藻土作为阻燃剂载体，以二水合钼酸钠为钼源，通过水热反应，将二硫化钼负载在硅藻土表面，合成一种低成本、绿色、高效的阻燃剂，利用硅藻土的轻质多孔结构，能够为二硫化钼提供充足的负载位点，减少团聚；而且硅藻土富含活性硅，硅能增加炭层的热稳定性，产生较好的阻燃效果，再结合二硫化钼Mo、S两种阻燃元素，同时隔绝氧气、热和挥发性易燃小分子的传导、输运，从而降低可燃气体释放速率和燃烧速率，增加残炭率，因此该阻燃剂具有很好的阻燃作用，并将其通过原位聚合法添加到PET中，制得一种阻燃热塑性PET复合材料，显著提高聚合物的阻燃性能，对环境友好无害。