本发明涉及种猪养殖设施技术领域，公开了移动式种公猪消毒防疫系统，包括消毒仓、支撑在消毒仓底部的移动组件以及动作机构，消毒仓的两侧分别具有入口和出口，消毒仓内悬设有两个相对的喷淋管以及悬设在喷淋管与出口之间的限位箍。当种公猪行至消毒仓内时，动作机构不仅用于引导两个喷淋管相互靠近，同时还用于引导限位箍移动至种公猪的颈部，限制种公猪的活动。本发明的移动式种公猪消毒防疫系统，为种公猪提供消毒仓进行清洁消毒，当种公猪站立在仓内时，只需通过动作机构，可使两个喷淋管同步靠近猪身，提高清洁消毒的效率，使清洁消毒更彻底，同时使限位箍按压猪的颈部，限制猪颈部的活动，保证工作人员的安全。