本发明公开了一种水射流钢轨打磨的纵向振动抑制系统及方法，该系统包括钢轨打磨车，设于钢轨打磨车上的信号采集模块和阻尼控制模块；信号采集模块包括设于钢轨打磨车的前端动力车头上的信号采集分析单元和传感器；阻尼控制模块其包括设于钢轨打磨车的后端打磨车体内的阻尼控制装置和减振器；本发明通过传感器检测出不同打磨工况下钢轨打磨车运行的振动情况，并将其实时反馈至信号采集分析单元，信号采集分析单元对振动情况信息进行集中处理，并输出至阻尼控制装置中，阻尼控制装置通过计算得到合适的阻尼，并据此调节减振器阻尼以消除纵向共振，使得水射流喷头相对于钢轨保持相对稳定的高度；能够解决现有技术中由于振动产生的打磨不精确问题。