本发明公开了一种全自动控制生物显微镜的机械传动结构，包括底座和载物台，所述的载物台包括上托板、中托板和下托板，所述的底座上设有可上下往复移动的第一传动机构，所述的下托板与第一传动机构的输出端连接，所述的下托板上设有可前后往复移动的第二传动机构，所述的中托板与第二传动机构的输出端连接，所述的中托板上设有可左右往复运动的第三传动机构，所述的上托板与第三传动机构的输出端连接；所述的上托板、中托板和下托板之间的中部设有相互贯穿的通光孔。本发明的全自动控制生物显微镜机械传动结构，可以实现载物台在前后、上下、左右方向上的调节，使用更加方便。