本发明涉及一种作物病虫害检测系统及其使用方法，包括以下步骤：S100：由热成像相机和多光谱相机采集作物冠部的信息，将采集的信息发送给图像分析模块和频谱分析模块；S200：图像分析模块对热成像相机发送的图像信息进行分析处理，确定作物冠部的水分消耗情况，将分析结果发送病虫害判别模块；频谱分析模块对多光谱相机发送的图像信息进行分处理，确定作物冠部的光谱情况，并将结果发送到病虫害判别模块；S300：病虫害判别模块根据图像分析模块和频谱分析模块发送的信息给出判定结果，如果判定作物有病虫害，则将相关信息转发入病虫害识别模块；S400；病虫害识别模块识别病虫害的具体种类，从而达到精准识别病虫害的目的。