本发明提供一种农作物病虫害预测方法及系统，属于智慧农业数据处理技术领域，包括：获取环境天气因素数据；使用预先训练好的病虫害预测模型对获取的环境天气因素进行处理，得到最终的病虫害值，即病虫害发生的程度值；其中，预先训练好的病虫害预测模型为双分支门控循环神经网络，其中一个分支用于确定环境天气因素影响病虫害发生的影响因子值，另一个分支用于获取病虫害值，两个分支的输出结合确定最终的病虫害值。本发明统一结合环境天气特征与病虫害值的变化规律共同预测病虫害出现趋势，提高了对棉花病虫害的预测准确度，有助于节省劳动力成本，帮助人们制定有效的病虫害防治措施，避免人力物力资源浪费，有效减少因病虫害造成的减产与损失。