本发明属于微生物培养技术领域，具体指一种多菌群分离培养系统。包括可移动基座、辅助模块、隔离舱模块和控制系统。可移动基座是整个系统的载体，辅助模块和控制系统安装在可移动基座的顶部；隔离舱模块包括多个隔离舱，安装在可移动基座的底层；隔离舱包括系统净化模块、PH值控制模块、温度控制模块、湿度控制模块、视频装置和状态指示器；辅助模块集成PH值控制模块的碱性舱和酸性舱，温度控制模块的多通道空调系统，湿度控制模块的雾化器以及电源系统；控制系统位于可移动基座上，包括主控制箱、PAC控制器和本地显示器，主控制箱通过RJ45与PAC控制器相连。本发明使用模块化结构，可根据需要对系统容量进行拓展，并在控制系统中统一管理。