本申请公开了用于量子测控系统的多板卡信号同步方法方法、设备及介质，方法包括：确定待同步的多个板卡，并向多个板卡发送参考时钟信号以及校准时钟信号；根据计数阈值，确定多个板卡分别对应的计数时延周期，将多个板卡开始累加循环计数；确定多个板卡中的主控板卡开始采样外部触发信号，并通过主控板卡采样所述触发信号的上升沿，通过主控板卡将外部触发信号转发至其他板卡；通过其他板卡采样外部触发信号，并采样外部触发信号的上升沿，并通过其他板卡发送波形信号。针对现有量子测控领域信号同步方案中实现方案复杂、对外部触发信号和板卡工作时钟有固定相位等要求，提出了新的方案。该方法实施方便，流程简单，高效稳定。