本发明提供了一种用于量子测控系统的板卡间触发信号同步的方法，包括以下步骤：使用时钟发生器产生参考时钟和触发信号，通过等长路径供给各需要同步触发的板卡；在板卡内，通过时钟管理单元，产生系统时钟和与系统时钟同频但偏移的采样时钟；使用采样时钟和系统时钟分别采样输入的触发信号，得到采样结果；得到独热码；将编码结果通过快慢同步模块完成跨时钟域数据同步；将同步之后的数据进行采样结果判定；根据采样置信度阈值，结合上一步骤的判定结果，得出当前采样的触发信号是否可靠的结论；如果采样结果可靠，且采样到触发信号上升沿，板卡将波形信号发出，达到各板卡发出波形信号同步的目的。该方法实施方便，流程简单，高效稳定。