本发明公开了一种新能源汽车电磁兼容性检测系统，包括测功机以及设置在测功机两侧的移动磁传感机构，移动磁传感机构包括第一直线滑轨、第一弧形滑轨、磁传感支架、电磁传感器、动力杆、直线导杆和驱动电机，第一直线滑轨设置于第一弧形滑轨的弧形外侧方，电磁传感器固定于磁传感支架沿第一直线滑轨滑动，驱动电机设置在EMC隔离地底仓内，驱动动力杆转动使动力杆的头端沿第一弧形滑轨滑动，转动滑环与动力杆的头端转动连接，直线导杆的一端与磁传感支架固定连接，另一端穿设于转动滑环内，动力杆转动时推动直线导杆沿第一直线滑轨移动。本发明可实现电磁传感器与待测车辆在相对运动状态下的多位置的测量，并减小驱动电机对电磁传感器的影响。