本发明提供一种避免隧道涌水突泥的钻孔系统及施工方法，用于解决现有技术中钻孔过程中出现涌水突泥无法处理且耽误工期的问题。一种避免隧道涌水突泥的钻孔系统，包括：钻头、钻杆、驱动机构、轴向压紧机构和半导体制冷组件，所述钻头安装在所述钻杆的一端，所述钻杆的另一端设有卡位盘，所述钻头和钻杆为中空结构且连通形成排水通道；所述轴向压紧机构包括限位组件、第二动力组件、齿条和第二驱动齿轮，所述限位组件将所述卡位盘的轴向两端限位，所述齿条固定在所述限位组件上，所述第二驱动齿轮和所述齿条啮合；所述半导体制冷组件转动套设在所述钻杆上，所述半导体制冷组件内侧为散热端，所述半导体制冷组件外侧为制冷端。