本申请公开了一种基于时空信息的农产品安全溯源系统及方法，涉及农产品质量安全溯源技术领域。所述系统包括：上位机以及下位机，所述上位机设有中心数据库以及上位机管理系统；所述的下位机包括中央控制器，与所述中央控制器通信连接的多个溯源信息模块，所述溯源信息模块将获取的溯源信息发送给所述中央控制器，所中央控制器与所述上位机管理系统通信连接。采用溯源信息模块对农产品从生产到销售的各个环节进行获取，然后通过上位机进行记录，后期溯源时，消费者通过商品携带的溯源码进行溯源查询。由于上位机系统中存储有完整的溯源信息，因此可以避免后期对溯源信息的篡改，提高了农产品溯源的可靠性。