本发明提供一种农产品溯源数据处理方法和系统，所述方法包括：获取目标农产品的农产品溯源数据；通过边缘控制器执行对所述农产品溯源数据的上链存证。本发明提供农产品溯源数据处理方法，不再通过边缘网关将农产品溯源数据上传到服务器，再利用服务器将农产品溯源数据上链存证，而是通过预先设置在边缘节点中的边缘控制器直接对农产品追溯数据上链存证，从而减少了上链流程，防止农产品溯源数据在通信传输过程中以及云端上链前被泄漏或者篡改，从而提高农产品追溯数据的可信度，降低了信息泄漏风险以及网络延迟。