本申请提供一种基于多源气象数据的环流形势赤潮预报系统及方法，该方法包括：获取待预报区域的气象再分析数据集合，并根据欧氏距离算法、轮廓系数和相似算法，计算大气环流形势典型场数据；自动获取下载气象场预报数据和气候场数据；并计算日变化大气环流形势距平场数据；根据相似算法，计算赤潮暴发概率；绘制赤潮暴发概率趋势和气象要素场时间序列的可视化产品图。可见，该方法能够利用更易获取且稳定的实时气象预报数据，解决以往监测数据的使用问题；能够自动化地提供可视化预报，从而便于直观了解赤潮发生概率和生态、气象环境要素信息情况；另外，该方法还能够更加科学准确的进行大气环流形势客观分型，从而提高对赤潮预报的准确度。