本发明涉及一种海洋滩涂环境采样系统及方法，该系统包括底质采集系统和水样采集系统，底质采集系统包括隔泥筒和集泥袋，集泥袋置于隔泥筒内部，集泥袋底部敞口、顶部封闭，集泥袋底部敞口朝外翻折包在隔泥筒底部四周外侧；水样采集系统包括隔泥筒和集水器，集水器置于隔泥筒内部，集水器包括集水筒，集水筒侧壁靠近底部位置开设有一圈以上进水孔，集水筒外部套设封闭环，封闭环位于进水孔上方，能够下移封堵住进水孔。该方法包括将集泥袋和集水器同时置于隔泥筒中，集水器位于集泥袋上方，同时采集底质和水样，或者集泥袋和集水器单独置于隔泥筒，分别采集底质和水样。本发明结构设计巧妙、灵活，实现单人可控的，底质和水样采集装置。