本发明公开了一种医疗方舱系统以及搭建该方舱系统的方法，解决了现有方舱系统难以根据实际情况进行快速安装及扩展，以及体积较大储运过程不方便等问题。该系统包括多个方舱单元；每个方舱单元由至少一个隔离病仓和至少一个诊断检测仓构成；隔离病仓为四面体型，包括两个第一正方形板和四个矩形板，两个第一正方形板分别铰接于任一一个矩形板两侧；两个第一正方形板上均设有第一舱门；诊断检测仓的为正六面体型，由六个子单元拼接而成，每个子单元包括一个第二正方形板以及与该第二正方形板铰接的正三角形板；诊断检测仓中至少有一个第二正方形板上设有第二舱门；隔离病仓和诊断检测仓通过对接机构连接；相邻两个方舱单元之间通过对接机构连接。