本发明公开了一种海上基础冲刷多重防护系统，涉及海上基础防护技术领域。包括自适应扰流体、防护网、导轨，所述自适应扰流体通过防护网与导轨连接；所述自适应扰流体为前小后大的中空流线型结构，包括前端部、尾翼部，所述前端部和尾翼部拼接后形成上下贯穿的孔洞；所述防护网为扇形放射状结构，由柔性材料制成；所述导轨固定在海床上，所述导轨包括滑块、轨道，所述轨道整体呈圆形，所述防护网的底部设置有与轨道相同曲率的弧形杆件，弧形杆件与滑块固定。本发明具有适应性强、防护效果好、环境友好等优点。