本发明公开了FPGA系统参数备份方法，包括以下步骤：首先将系统参数分别存于eeprom上的第一区域和第二区域内，其中第一区域作为系统参数数据，第二区域作为系统参数备份数据；系统启动后，读取第一区域和第二区域的数据进行校验，根据校验结果保证FPGA逻辑主功能正常工作；在系统运行过程中，如系统参数中的某个参数发生变化，根据当前系统的rtc时间进行校验，随后对第一区域的系统参数数据进行更新，第一区域的系统参数数据更新成功后对第二区域的系统参数备份数据进行擦写并更新。其能够确保两份数据在擦写时至少有一份数据是正确的，使系统能正常启动运行。在确保系统参数数据是正确的前提下再去擦写更新系统参数备份参数，避免系统数据错误或者丢失。