本发明公开了一种用于粘接软木颗粒的抗菌聚氨酯胶粘剂的制备方法、胶粘剂及其应用，所述方法包括以下步骤：1）通过聚醚胺与盐酸胍热缩聚反应制得聚醚胺盐酸胍；2）通过二异氰酸酯与聚合物多元醇反应制得异氰酸酯封端的预聚物；3）将含有异氰酸酯封端的预聚物与聚醚胺胍盐以及小分子多元醇进行反应制得含胍盐的聚氨酯胶粘剂。本发明的制备方法可以有效降低体系中氨基以及亚氨基的含量，从而降低体系粘度，增加体系的胍盐引入量；还有效地提高胍盐抗菌剂的油溶性，减少分子迁移，赋予材料更为持久的抗菌性能。