本发明提供了一种有机包膜脱硝剂及其制备方法，所述制备方法包括以下步骤：将尿素熔融后造粒成型，得到球状颗粒；将所得球状颗粒投入包衣设备中，球状颗粒均匀转动后喷入异氰酸酯以及多元醇‑颜料混合料进行包膜，得到有机包膜脱硝剂。本发明所述方法在成型颗粒表面以包膜的方式进行表面改性，形成聚氨酯高分子膜，其具有缓释效果，减少脱硝过程中尿素的无效分解，使其充分用于氮氧化物的还原，提高尿素利用率；所述方法所用包膜原料中还包括颜料，有助于辨别形成的包膜是否完整及均匀，同时颜料中的金属离子能够在脱硝反应中起到催化剂的作用，提高脱硝效果；所述方法操作步骤简单，原料来源广，设备投资及生产成本低，易于工业化实施。