本发明提供了一种有机包膜脱硝剂及其制备方法，所述制备方法包括以下步骤：将尿素熔融后与催化剂混合，经造粒成型，得到球状颗粒；将所得球状颗粒投入包衣设备中，球状颗粒均匀转动后喷入异氰酸酯和多元醇进行包膜，得到有机包膜脱硝剂。本发明所述方法在尿素脱硝剂成型过程中即加入催化剂，保证脱硝剂使用时催化剂在各局部区域内均有分布，改善脱硝效果，提高脱硝效率；所述方法在成型颗粒表面以包膜的方式进行表面改性，形成聚氨酯高分子膜，其具有缓释效果，减少脱硝过程中尿素的无效分解，使其充分用于氮氧化物的还原，提高尿素利用率；所述方法操作步骤简单，原料来源广，设备投资及生产成本低，易于工业化实施。