本发明公开了一种用于检测苯丙氨酸羟化酶基因突变的检测试剂盒及其检测方法。本发明具体地公开了用于检测苯丙氨酸羟化酶基因突变的组合物、试剂盒、检测方法。本发明通过在同一个PCR反应体系中同时扩增靶基因和内参基因，计算靶基因和内参基因的Ct值差，综合野生型反应体系的△Ct值和突变型反应体系的△Ct值，判断基因是否发生突变。本发明选用的内参基因和检测基因位于同一条染色体上，同时使用了UNG酶/dUTP抗污染体系，降低假阳性结果的产生，具有准确性高，抗污染能力强，检测速度快，对仪器性能要求低的优点。本发明所述组合物、试剂盒及检测方法可以在体外准确地检出患者血液样本中苯丙氨酸羟化酶基因的突变。