本发明涉及一种疏浚土余水的生态净化系统，包括沉淀设备、以及组合式潜流人工湿地，所述沉淀设备用于对疏浚土余水中的颗粒物进行沉淀，所述组合式潜流人工湿地包括过滤单元和水平潜流人工湿地单元，所述过滤单元包括过滤池、填充在过滤池中的过滤材料、连接过滤池与沉淀设备的进水管，所述水平潜流人工湿地单元包括湿地池、填充在湿地池中的基质、以及种植于基质的水生植物，所述湿地池与过滤池之间设有连通管道，且连通管道位于过滤材料上表面和基质上表面下方，所述湿地池上还设有出水管。本发明利用沉淀和湿地净化等生态方式来净化疏浚土余水，具有成本低廉，生态环保，环境友好等优点，为疏浚土余水处理提供一种新技术途径。