本发明提供了一种基于硫自养反硝化滤池深度脱氮的碱度调控方法，属于废水深度脱氮处理技术领域。本发明针对污水处理厂尾水提标或生态水环境修复等对硝酸盐去除具有较高要求的硝酸盐废水，采用碳酸氢盐/碳酸盐作为碱度调节剂调控硫自养反硝化滤池。与传统的硫钙混合型硫自养反硝化滤池相比，本发明所采用的纯硫型硫自养反硝化滤池出水的总溶解性固体(TDS)增量和硫酸盐浓度降低了约三分之一，硫自养反硝化技术具有调控硫自养反硝化过程的优势，该工艺能更好地应对进水水质硝酸盐变化，运行方式更加灵活，具有良好的环境效益。