一种基于硫‑铁自养反硝化深度脱氮除磷装置，用于脱除废水中的氮磷，包括废水储容器、脱氮除磷反应器、菌种储容器、菌种投放系统和反冲洗系统；脱氮除磷反应器，与废水储容器连接，对进入的含氮磷废水进行处理，包括与废水储容器连接的处理单元和设置在处理单元底部的出水段，处理单元包括依次连接的多个处理段，处理段包括处理段柱体、填充在处理段柱体内部的脱氮除磷填料和设置在处理段柱体上的菌种投放口，本申请将自养反硝化细菌投加到脱氮除磷反应器，将缺少有机碳源的硝酸盐氮污染的水中的NO₃‑N还原为N₂，同时自养反硝化过程中产生H⁺促进填料中铁的溶出，产生铁离子，铁离子与磷酸盐结合形成沉淀将磷酸盐去除。