本发明公开了一种采用植物水培技术筛查和定量扑草净代谢物的质谱检测方法，属于农药残留分析技术领域。本发明利用含氯自来水水培的植物根部充分吸收扑草净后，结合高分辨质谱法进行定性和定量分析，可以得到清晰的各种代谢物色谱峰，便于定性；根分泌物样品中的扑草净及代谢物经过常温贮存，通过暴露于水体中余氯、根系微生物、光照和植物体内酶的代谢等降解/转化作用下产生的种类繁多高浓度的代谢物便于定量；通过本发明能轻松锁定环境中各种存在形式的扑草净代谢物，并识别优势代谢物；本发明适用于环境中扑草净结构类似污染物如甲硫基‑S三嗪类除草剂等代谢物的筛查和定量。