本申请提供了一种将雨洪水转化为可利用水量的干枯河流生态治理系统，涉及生态治理领域，其包括布置在含水层上方的若干槽蓄河床单元，沿河道坡面的延伸方向呈阶梯状分布，以供若干槽蓄河床单元逐级蓄水；槽蓄河床单元包括基础坑，基础坑的底部及四周侧壁布置第一防渗结构层；相邻的槽蓄河床单元之间地下区域以及槽蓄河床单元与含水层之间设置有补水渗流层，补水渗流层与基础坑的侧壁之间通过补水管道连通，补水渗流层的底部与含水层之间布置第二防渗结构层，通过以上技术方案，利用槽蓄河床单元留蓄汛期雨洪水资源，建立河道生态水量支撑；同时干枯河流经过蓄水、存水和渗流补水，使河流基本可以保持常流状态，恢复河流生态环境。