一种水资源短缺的定量评估方法，属于水资源评价技术领域。本发明针对现有水资源短缺的评估方法仅考虑水量而忽视水质，造成评估结果准确性差的问题。包括：将目标流域划分为各个子流域；采用SWAT初模型对每个子流域进行水文响应单元的划分；将数据库中的实测水文数据对应水文响应单元划分为训练集和验证集；采用训练集和验证集对SWAT初模型进行参数率定并进行验证，获得最终SWAT模型；计算单元可用水量及单元水质；按用水类型确定每种用水类型的需求水质及需求水量；根据单元可用水量、单元水质、每种用水类型的需求水质及需求水量，分别进行水量型缺水量评估和水质型缺水量评估。本发明用于目标流域缺水量的评估。