本发明公开了一种基于高频磁电转换的非侵入式神经刺激方法及系统，属于非侵入式神经刺激领域，包括：于预定的生物组织区域同时施加第一预设频率的第一高频磁场和第二预设频率的第二高频磁场；第一高频磁场产生的第一交变感应电场和第二高频磁场产生的第二交变感应电场进行干涉，形成低频包络电场，以通过低频包络电场对需要刺激的预定的生物组织区域进行深度刺激。本发明基于两路不同频率的高频磁场，转换成不同频率的交变感应电场，进行相干并形成低频包络电场，由于脑部组织具有高阻抗特性，高频磁场的刺激波形和振幅与神经组织关联度较小，使得转换后形成交变感应电场的低频包络电场可以保持预定的波形条件，进而对深度神经调控刺激。