本发明公开了含双季铵盐二醇及其制备方法与在抗菌自消光水性聚氨酯涂料中的应用。该抗菌自消光水性聚氨酯涂料制备方法是将脱水处理后的聚合物二元醇和含双季铵盐二醇的单体混合后，加入异氰酸酯和催化剂进行预聚，反应生成嵌段共聚物；依靠含双季铵盐二醇单体的亲水性，在高速搅拌下加入去离子水乳化形成乳液；再加入反应活性更高的胺类或肼类扩链剂将剩余的异氰酸酯反应完全，最后混合适量的助剂，得到水性聚氨酯涂料。该涂料胶膜具备良好的抗菌性，且在不需要额外加助剂或进行表面处理即可达到优异的自消光效果。