一种基于滑动窗口的基因序列多聚腺苷酸尾巴提取方法
公开
摘要
本发明公开了一种基于滑动窗口的基因序列多聚腺苷酸尾巴提取方法，特点是包括输入基因序列文件查找连续N个A碱基片段和连续N个T碱基片段作为潜在的多聚腺苷酸尾巴的起始位置的步骤；初始化设置滑动窗口参数并移动滑动窗口直到滑动窗口到达序列最右或左端，或者错配惩罚值达到阈值5则停止滑动，获得多聚腺苷酸尾巴序列和尾巴长度值的步骤；若提供该物种的参考基因组序列，将待比对序列通过序列比对工具与参考基因组序列进行比对或者使用过滤条件过滤多聚腺苷酸尾巴，获得精确度更高的多聚腺苷酸尾巴，并根据多聚腺苷酸尾巴数量确定序列类型的步骤；最后确定多聚腺苷酸尾巴为类型的步骤，优点是精度高、运算速度快且用户友好。
基本信息
专利标题 ：
一种基于滑动窗口的基因序列多聚腺苷酸尾巴提取方法
专利标题（英）：
暂无
公开（公告）号 ：
CN114582419A
申请号 ：
CN202210110546.7
公开（公告）日 ：
2022-06-03
申请日 ：
2022-01-29
授权号 ：
暂无
授权日 ：
暂无
发明人 ：
吴小惠刘梦飞
申请人 ：
苏州大学
申请人地址 ：
江苏省苏州市相城区济学路8号
代理机构 ：
苏州见山知识产权代理事务所(特殊普通合伙)
代理人 ：
袁丽花
优先权 ：
CN202210110546.7
主分类号 ：
G16B20/30
IPC分类号 ：
G16B20/30
IPC结构图谱
G
G部——物理
G16
特别适用于特定应用领域的信息通信技术
G16B
生物信息学，例如特别适用于计算分子生物学中的遗传或蛋白质相关数据处理的信息与通信技术
G16B20/00
特别适用于功能性基因组学或蛋白质组学的，例如基因型-表型关联的ICT
G16B20/30
结合位点或基序检测
法律状态
2022-06-03 ：
公开
注：本法律状态信息仅供参考，即时准确的法律状态信息须到国家知识产权局办理专利登记簿副本。
文件下载
暂无PDF文件可下载
