本发明涉及一种类器官代谢分子的原位在线检测方法及装置，该方法首先建立代谢分子浓度与干涉信号相位变化的对应关系，然后采用检测芯片分区域原位收集类器官产生的多种代谢分子，再通过光学干涉面阵检测系统实时测量各个分区域内代谢分子与检测芯片表面探针分子结合导致的干涉信号相位变化，进而获得各个分区域内代谢分子的浓度信息，从而实现对类器官代谢分子的原位、在线、高通量定量检测。该方法及装置有利于节省检测的时间和人力成本，避免对检测产生人为干扰，提高检测的效率和有效性。