本申请实施例提供一种文件系统的处理方法、回收站管理方法、装置及设备。该方法包括：取应用程序针对文件系统的操作指令；若操作指令为删除指令，将文件系统的文件系统目录树中操作指令针对的目录/文件的元数据，从文件系统目录树中删除并保存至文件系统的回收目录树中，并在操作指令针对的是文件时，将回收目录树中文件的元数据与用于描述文件的存储位置的元数据进行关联，以实现将操作指令针对的目录/文件放入文件系统的回收站中。该方法能够防止出现由于目录/文件被误删除导致应用程序无法正常出现的情况，避免对用户造成损失。