本发明涉及用于治疗自闭症谱系障碍及相关症状的方法。本发明公开涉及用于治疗自闭症谱系障碍(ASD)的组合物和方法，其通过恢复ASD患者的肠道微生物群。这些方法可以用于具有或者不具有持续性消化道症状的ASD患者。本文提供了用于在有需要的受试者中进行ASD治疗的方法，包括或者基本上由对受试者施用包含粪便微生物或粪便微生物群制剂的治疗性组合物组成。本文还提供了一种方法，包括对人类受试者施用抗生素，对人类受试者进行清肠以及对人类受试者施用经纯化的粪便微生物群。进一步提供了经本文描述的治疗后患者症状改善的评估和定量表征。