本发明提供一种基于量子退火的蛋白质折叠方法，属于量子计算技术领域。因为该方法将蛋白质折叠问题编码为可计算的优化问题(QUBO形式)，具体采用正四面体格点模型模拟氨基酸多肽链分子在三维空间中的构成，并定义编码后的二进制氨基酸序列中任一氨基酸在预定方向上的步长、坐标及任意两个氨基酸之间的距离，通过添加约束条件构建对应的伊辛哈密顿量，最后利用量子退火演化伊辛哈密顿量并得到最终的演化结果，即演化得到的能量最优解即为蛋白质对应的最稳定构像。因此该方法利用量子退火中的量子隧穿效应来解决上述蛋白质问题，可以大大压缩空间和时间复杂度，耗时少，具有广泛的应用前景。