本发明涉及燃料电池技术领域，具体涉及一种燃料电池车辆的水泵布置系统，燃料电池车辆包括前机舱，所述前机舱内具有纵梁和大灯，所述系统包括主散热输泵、副散热水泵以及支架；所述支架连接在纵梁侧边且位于大灯下方；所述支架具有上下设置的第一容纳位和第二容纳位，所述副散热水泵设置于第一容纳位上，所述主散热水泵设置于第二容纳位上；本发明通过将两个水泵的布置集成化，且布置的位置由传统位置前机舱下部，调整至车身前机舱纵梁外侧，大灯下部的空间内，将原水泵在前机舱占用的空间，留给燃料电池系统及电驱动系统，不仅仅解决了空间布置的紧张的物理问题，而且通过改变水泵的布置位置，降低了机舱内的噪音，提升了整车的性能。