本发明提供一种用于含氟矿井水的生态除氟系统，包括通过管道依次连接的煤矸石过滤单元、第一氟离子测试单元和除氟单元；煤煤矸石过滤单元包括按照水流方向依次设置的第一煤矸石层、第二煤矸石层和石英砂层；第一氟离子测试单元包括第一氟离子测试仪；除氟单元包括植物矿物协同除氟单元和羟基磷灰石吸附除氟单元；植物矿物协同除氟单元包括由下至上依次设置的第一活性填料层和耐氟植物层，第一活性填料层中的第一活性填料为多孔陶瓷；羟基磷灰石吸附除氟单元包括第二活性填料层，第二活性填料层中的第二活性填料为羟基磷灰石。本发明还提供一种利用前述系统的生态除氟方法。该生态除氟系统及方法能够对含氟矿井水进行生态除氟，成本低、污染小。