本发明公开了一种基于磁场控制分选荧光标记细胞方法的微流体芯片装置及使用方法。所述微流体芯片包括样本通道、两个鞘液通道、第一荧光检测区、第二荧光检测区、磁场控制系统、磁场控制细胞分选区、靶细胞通道以及废液通道；基于细胞上标记的荧光信号，将FACS系统与磁场控制分选系统相结合，实现了自动化细胞分选，不仅将分选检测集成小型化和自动化、而且具有操作简易、经济等优点。该装置分选既可以分选大量细胞样本，也可以分选少量细胞样本，克服了流式细胞仪的缺陷。