本发明涉及一种双轴燃气轮机混合动力系统的控制方法及系统，所述控制方法应用于双轴燃气轮机混合动力系统，双轴燃气轮机混合动力系统为用电负载供电，所述控制方法包括：获取所述双轴燃气轮机混合动力系统中储能设备的荷电状态；对所述荷电状态进行判断，当所述荷电状态在设定阈值范围内时，输出第一控制策略；当所述荷电状态小于或等于所述设定阈值范围时，输出第二控制策略；当所述荷电状态大于或等于所述设定阈值范围时，输出第三控制策略；基于所述第一控制策略、所述第二控制策略和所述第三控制策略控制所述双轴燃气轮机混合动力系统。本发明在保证提供需求功率的同时，提高了双轴燃气轮机的燃油经济性，保证了混合动力系统的安全运行。