本发明为一种自编码网络的航磁干扰补偿方法及自编码网络的构建方法，将系数矩阵作为自编码网络的输入，利用自编码网络得到的编码器的特征作为新的系数矩阵F_D；利用得到的新系数矩阵F_D计算系数C_New，采用最小二乘计算补偿磁干扰，不需要获取系数矩阵的特征作为训练标签便能实现特征提取。将编码器的中间层神经元节点数设置小于输入层神经元节点数，这种特殊结构可以压缩系数矩阵的表示并提取数据特征，从而削弱系数矩阵变量之间的相关性。将T‑L方程的系数矩阵作为输入，此外为了适应数据，选择了性能更好的双曲正切激活函数以及更鲁棒的Huber损失函数，能有效降低网络对异常值的敏感性。网络中间层获取的特征之间的相关性将大大降低。